Яйца для инкубирования лучше хранить в горизонтальном положении. Им нужно чистое помещение, с температурой 10-18 °С. Если они будут находиться в помещении продолжительное время, температуру снижают. Второй показатель – влажность воздуха, она не должна опускаться ниже 70%.  При продолжительном хранении инкубационных яиц до закладки их следует периодически переворачивать.

Сбор яиц при формировании партии не должен превышать для куриных – 5-6 суток, индеек- 7, уток — 5-7, гусей – до 10, цесарок — до 5, перепелок — 9, не учитывая дня снесения яиц. Считается, что лучшие показатели у тех, что перед закладкой пролежали не дольше 2 дней.

Перед началом инкубирования яиц проводят специальный отбор. Инкубационные яйца должны иметь правильную форму, гладкую однородную скорлупу, малоподвижный желток, на просвет занимающий центральное положение, без четко выраженных границ. Воздушная камера должна быть в тупом конце яйца. Поэтому, отбирая яйца для инкубации, нужно не только осмотреть их снаружи, но и хорошо просмотреть на свет при помощи овоскопа.

Овоскопия – наилучший способ определения наличия аномалий, которые нельзя заметить невооруженным глазом. Благодаря такому методу птицевод может установить пригодность яйца к инкубации, а также наличие плода в период инкубации. При нахождении даже малюсеньких трещин, яйцо удаляют, во избежание, попадания бактерий и разноса заражения.

При овоскопировании обычный яркий свет пропускают через любое яйцо (куриное, гусиное, перепелиное), само яйцо таким образом не подвергается никакому негативному влиянию (если что только разбить, и то по неосторожности).

Непригодными для инкубации следует считать яйца:

• имеющие дефекты скорлупы (трещины, тонкую скорлупу, скорлупу с большим количеством крупных известковых наростов, шероховатую);
• с пятнистой мраморной структурой скорлупы, которая свидетельствует о недостатке или переизбытке кальция;
• со светлыми полосами на скорлупе, которые говорят о ее повреждении;
• двухжелтковые, со смещенным или прилипшим к скорлупе желтком;
• со смещенной, подвижной или блуждающей воздушной камерой;
• с кровяными и другими инородными включениями;
• яйца, в которых произошло смешение белка с желтком в результате разрыва желточной оболочки, белок или желток окрашены кровью;
• яйца, пораженные плесенью;
• не просвечивающиеся или имеющие темные пятна;
• «старые яйца» — которые долго хранились: при просвечивании видна увеличенная воздушная камера, которая тем больше, чем дольше хранилось яйцо;
• желток большой, темный, приближен к скорлупе или присох к ней, границы его очерчены более резко, чем в свежем яйце;
• очень грязные яйца.

Перепелиные яйца овоскопируют редко – из-за своей окраски яйца перепела плохо просматриваются. А из-за присутствия в яйцах перепела большого количества лизолина они редко становятся так называемыми в народе "тумаками".

Утиные и гусиные яйца просвечивают так же, как и куриные. Отличия в том, что в  утиных  граница кровеносной системы проходит с другой стороны от зародыша – от тупого к острому концу. У гусиных яиц границы сосудистого поля должны занимать больше половины яйца (а при отклонениях – будет занимать не более одной трети).

Допускается использование загрязненных яиц уток и гусей для инкубации в пределах хозяйства после мытья и дополнительной влажной дезинфекции. Для индеек допускается наличие яиц с известковыми наростами на скорлупе.

Для защиты яиц от патогенной микрофлоры поверхность яиц дезинфицируют. Если говорить о промышленных масштабах, то в основном используются пары формальдегида, также проводят обработку яиц озоном.

В домашних условиях используется дезинфицирующее средство Монклавит-1, или раствор марганцовки или перекись водорода.

Грязные яйца водоплавающей птицы моют и дезинфицируют в растворах: 5,0% - дезмола, 1,0%-1,5% - хлорамина, 1,0%-1,5%%-перекиси водорода. Температура раствора должна быть в пределах 35-42 градуса, время нахождения яиц в растворе 2-4 минуты. Все это, а также ряд других препаратов, можно купить в ветаптеке.

Также обрабатывают яйца путем облучения ртутно-кварцевыми лампами:  с двух сторон по 10-15 минут в яичных/инкубаторных лотках, которые устанавливаются на столе, а лампа над ними на расстоянии 40см.

Рекомендуется также облучение суточных цыплят после выемки их из инкубатора. Расстояние – 80см., экспозиция 3-5 минут. Эта обработка способствует сохранности молодняка при выращивании.